La nouvelle équipe X-Men
Dès le début de cette nouvelle carrière, les X-Men vont subir une perte. Celle de L'Épervier, qui meurt lors du combat contre l’infâme comte Néfaria et ses Ani-Men. Xavier est en contact télépathique avec l'Épervier quand celuici meurt dans le crash de l'avion de Néfaria sur lequel il avait sauté. Moira arrive à l'institut à la demande de Xavier. Peu après ils sont confrontés à une invasion de démons, les N'Garaï, dont la porte dimensionnelle se trouve à côté de l'institut. Tornade détruit la porte.
Un malheur n’allant pas seul, les X-Men apprennent l’existence d’une troisième génération de Sentinelles, les Mark III. Ils sont attaqués en pleine ville à l'époque de Noël par ces Sentinelles géantes. Xavier, Cyclope, Jean, Wolverine et le Hurleur sont capturés. Wolverine s'échappe (les autres découvrent que ses griffes ne sont pas des accessoires mais sortent de ses mains). Il libère les autres et ils cherchent à s'échapper. Mais ils découvrent trop tard qu'ils sont sur une station orbitale. Ils seraient mort dans l'espace si Stephen Lang, le maître de la base et des Sentinelles, ne les avait récupéré. Sur Terre Cyclope, Diablo, Tornade et Colossus découvrent l'emplacement de leurs équipiers. Ils décident d'aller à leur secours. Pour cela ils trouvent une navette spatiale, pilotée par Jean-Paul Corbeau, un ami du professeur Xavier, qui les conduit jusqu’à la base spatiale de Lang. Leur mission est un succès pour ce qui est de la destruction de la base et le sauvetage de leurs camarades, par contre le rapatriement sur Terre semble compromis. En effet, le poste de pilotage de la navette a été endommagé, il ne pourra stopper les radiations du soleil et ne supportera pas la chaleur lors du passage dans la couche d’ozone. Jean Grey décide de se sacrifier. Elle apprend télépathiquement à piloter grâce à Jean-Paul. Pendant que ses amis sont à l’abris dans le compartiment arrière, Jean Grey résiste tant bien que mal aux radiations et à la température. À l’atterrissage, Jean Grey s’envole dans le ciel, s’écrit : ‘‘Je suis le Phénix’’, puis s’évanouit.
Le professeur fait des cauchemars. Il voit un individu portant un casque étrange. Pendant que Jean Grey se rétablit à l’hôpital, Xavier envoie les X-Men prendre du repos au château Cassidy, demeure ancestrale du Hurleur située en Irlande. Seul Cyclope ne s'y rend pas. Mais le château a déjà un occupant : Black Tom, cousin maléfique du Hurleur et qui s'est adjoint les services du Fléau. Après un long combat le Hurleur réussit à précipiter son cousin du haut d'une tour dans la mer. Le Fléau plonge à sa suite. Les X-Men se rendent ensuite sur l'Ile de Muir, au large de l'Ecosse. Ils y retrouvent Moira Mc Taggert, propriétaire des lieux, qui y a construit un vaste centre de recherche. Là, les nouveaux X-Men affrontent pour la première fois Magnéto. Un repli stratégique s’impose à eux. Accidentellement, le combat a libéré Protéus, le fils mutant de Moira enfermé dans un caisson.